A economia do sistema UV é determinada pelos seguintes fatores: custo e vida útil dos equipamentos; eficiência elétrica; grau de redução do efeito de esterilização durante a operação; custos de eletricidade, etc. A análise econômica do sistema de desinfecção ultravioleta ainda não chegou a uma conclusão. Há muitos relatórios de análise com conclusões diferentes. Há opiniões de que o dispositivo de desinfecção ultravioleta consome muita eletricidade, e a manutenção e o custo do equipamento são altos. Para sistemas de grande porte, o investimento em equipamentos é maior do que o do sistema de ozônio, e o custo operacional é semelhante ao do ozônio; mas para o pequeno sistema de produção de água pura, o investimento é menor do que o do dispositivo de ozônio. Há também opiniões de que para escalas de tratamento de milhares de toneladas/dia ou mais, os custos de investimento e operacional do sistema de desinfecção UV são muito vantajosos, que são muito inferiores ao custo de cloração e desinfecção do ozônio. Por exemplo, há relatos analíticos de que, ao construir uma pequena estação de tratamento de água potável com uma população que varia de 10 a 25.000, a proporção aproximada de ultravioleta, dióxido de cloro e custos de desinfecção de ozônio é de 1:4: (8-9), para uma população maior que para 500.000 organizações sociais, a razão de custo é de cerca de 1:2.5:2.5.
Essas estimativas de custo não incluem o custo adicional de remoção de subprodutos de desinfecção e cistos criptosporidium ao usar processos de desinfecção não-UV. Além disso, os dados de análise mostram que o investimento e os custos operacionais da desinfecção ultravioleta são menores do que os da desinfecção do cloro, e o custo de desinfecção é cerca de metade do do cloro, mas a diferença é reduzida com a expansão da escala de tratamento de água.
Na França e na antiga União Soviética, a desinfecção ultravioleta limitava-se a pequenos equipamentos. O grande equipamento estabelecido foi a instalação de lâmpadas ultravioletas em série na rede de água filtrada. Nos Estados Unidos, a desinfecção ultravioleta também se limita a pequenos equipamentos e piscinas, e muitas vezes é combinada com outros desinfetantes. No entanto, tem sido relatado em aplicações práticas que a escala de plantas de água potável usando desinfecção ultravioleta ultrapassou 1,5 milhão de toneladas por dia.